纳税人丢失专用后，必须按规定程序向当地主管税务机关报告：
1、纳税人应将丢失专用的纳税人名称、份数等情况，向主管税务机关指定的报刊等媒介刊登公告声明作废；
2、填报《丢失被盗登记表》，持IC卡到国税主管机关办理电子退回等。
如果已开具专用的联和抵扣联都丢失了
1、如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用记账联复印件及销售方主管税务机关出具的有关证明单作为进项税额的抵扣凭证；
2、如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用记账联复印件进行认证，认证相符后可以和如果丢失前已认证相符的一样用证明单作为进项税额的抵扣凭证。
我们需要注意什么？
需要注意的是，专用记账联复印件和有关证明单需要留存以供备查。
此外，告诉大家现在很多手续都可以在网上办理，丢失也是一样，可以到当地的办税系统去处理。在办税系统里找到遗失损害报告，如实填写丢失损毁信息后等待审核即可。
虽然说现在的领用和使用程序更为简便了（之前还需要登报发公告证明作废），但最好还是要好好保管，不要发生丢失的情况，即使是作废也要好好地保管起来。
一般来说需要保存5年，千万不要以为已经认证了，或者办税完结了就可以随意弃置，最好储存归档电子会计原始凭证，利用管理系统来进行信息化管理，防止篡改和丢失等风险。
综上所述，将丢失的纳税人名称以及份数向指定的报刊媒介刊登公告申明作废；填报《丢失被盗登记表》；持IC卡到国税主管机关办理电子退回。
法律依据:《中华人民共和国管理办法实施细则》第四十一条规定：使用的单位和个人应当妥善保管，不得丢失。如果经税局未核销作废的遗失了，首先要登报说明作废，其次税务机关要对你按没有按照规定保管进行适当处罚。
