DNAstar蛋白分析入门

准备介绍一下DNAstar里面的蛋白分析功能，不过只是入门级别的介绍，我是做生化实验的，对于生物软件，只关心他们对我的实验有什么帮助，不关心后面的算法、程序等等生物信息学的东西。

DNAstar蛋白分析功能特点：

1、蛋白一级和二级结构分析在同类软件里面算比较全面； 2、用户设定功能少，所以比较傻，容易上手； 3、结果报告图形漂亮。 缺点：

1、绝大多数分析功能的报告都不能保存且无法输出，只能拷屏，简直就象demo软件； 2、因为用户设定功能太少，结果常常不让人满意也无法修改，比如氨基酸颜色无法改变；

3、没有基于结构的 alignment 分析；

4、功能模块分割，做一个工作要进入不同模块，就象完成一个任务要打开几个软件，这是DNAstar最为愚蠢的地方。当然这主要是因为原来的版本从unix发展而来，是历史遗留问题。

同样也因为是基于 unix 的原因，让我得到一个好处，老版本安装以后，直接拷贝目录，完全可以成为绿色免安装软件。我到现在仍然在用这最早的版本，好像没有感觉到新版本有任何提高（除了网络查询功能，而DNAstar的网络功能跟CM7比，简直就不如没有），所以安装了新版本以后马上也就删除了。

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第一步：editseq 建立蛋白序列和初步分析蛋白生化特性

进入 editseq 模块后，由于默认序列文件是核酸文件，所以必须关闭默认窗口，重新建立一个序列文件，选择蛋白序列文件类型。

建立新序列的方式非常多，包括：手工输入、剪贴板拷贝、直接导入序列以及通过网络查询导入，这里不深入讨论，举例用手工输入一个短序列。在序列输入过程中，我们即可以看见蛋白生化性质相关的一些数据显示，并且随输入序列而改变，见下图红圈中的内容，显示氨基酸序数，蛋白质分子量、电荷以及等电点。

通过蛋白统计数据显示，可以看见更多的蛋白质序列组成及生化特性的详细分析，注意分析前必须选中一段序列，这种方法可以用于分析蛋白序列中某区段的序列。

以下是刚才那段序列的统计结果：

DNAstar Editseq 模块一个最为突出的功能是可以发声朗读序列，序列输入完毕，通过电脑模拟读音念一遍，可以进行序列校对。 1、把光标定位到准备校对部分的起始

2、选中windows voice

3、执行ProofRead Sequence命令

保存蛋白序列文件，文件后缀自动生成为.pro，蛋白序列构建完毕。

第二步：Protean 进行蛋白二级结构预测

下面这个图是 dnastar Protean 模块预测 GM-CSFR (NCBI accession number: NP_034100) 的结果。新版 dnastar 可以直接通过 entrez 得到这个序列，序列调入 protean 后自动出现默认预测结果。我们后面的讨论将以这个蛋白为例分析几个比较常用的(或者说我曾经在论坛看见有人提问的)几个预测方法。